通关一周目后，咱们会从自家门前开始二周目冒险。这时候首要任务是去大木博士那里升级图鉴，记得先抓够60种不同精灵再去见他哦。升级完图鉴后会发现精灵联盟暂时关闭，天王小银有事外出了。这时候咱们要去枯叶市坐船前往一之岛，在精灵中心找到阿锦对话，得知需要寻找红宝石来启动新系统。拿到红宝石后交给阿锦，他会再让咱们去找蓝宝石，同时给彩虹通行证让咱们能在七岛间自由通行。
接下来咱们可以去二之岛挑战小美，她的队伍包括63级的圈圈熊、65级的电龙和70级的炎帝等强力精灵。打败她后继续前往四之岛，在冻瀑洞窟会遇到天王小银和火箭队，帮小银打败火箭队后得知他们下一个目标是五之岛的火箭队仓库。在四之岛往上冲浪还能遇到50级的闪光拉帝欧斯。这时候咱们要记得去六之岛的点之穴拿蓝宝石，那里还能遇到盖欧卡。拿到蓝宝石后就能解锁更多区域了。
超梦在二周目可以抓两次哦！第一次和原版一样在华蓝洞穴里，第二次需要等二周目开启后，在五之岛拿到船票坐船去超梦岛抓。红莲岛也是二周目的重要地点，那里可以抓到超梦和钢虫。七之岛的训练师之塔顶端有帕鲁基亚和迪亚鲁卡，不过要注意抓完一只后会被传送到塔门口，需要再打一次才能抓另一只。在七之岛下面的山谷里，咱们需要把山洞里的石头推进洞里触发机关，往前走能遇到凤王，左上角是裂空座，右上是路奇亚。
三之岛的树果森林里有个地方可以冲浪再攀瀑，来到大树前点击就能遇到泽尼亚斯。变化洞窟里能抓到雪拉比，继续往上走还能遇见伊维塔尔。三之岛港口有欧巴桑守着的地方能遇到雷公，记得要拿到红蓝宝石才能触发。水君会全地图随机出现，可以通过图鉴查看当前位置。如果想抓阿尔宙斯，需要先去七之岛穿过石室，里面可以抓到90级的阿尔宙斯，建议准备好大师球，因为这家伙特别难对付。
最后在创世神旁边有个被岩石封住的地方，用碎岩术后会出现隐藏密室，里面有个妖精系守护者，带的都是90级的精灵，要做好充分准备再去挑战。七之岛的PC中心有个水手会带咱们去肌岩，那里也是重要的神兽捕捉地点。记得多准备些高级球和状态异常的技能，这样抓神兽会轻松很多。祝大家都能集齐所有神兽，完成二周目全图鉴！