在击败四大天王并成为联盟冠军后，游戏并未真正结束，而是开启了更丰富的后期内容。首先需要明确的是，通关后玩家可以继续探索关都地区的隐藏区域和挑战未完成的剧情。冠军之路的胜利只是开始，后续的冒险包括前往七岛群岛、捕捉稀有宝可梦以及挑战更强大的训练家。
七岛群岛是通关后的主要探索区域，玩家需要乘船前往这些岛屿完成一系列任务。在岛屿上可以触发新剧情，例如帮助正辉博士解决问题或参与火箭队的残余势力事件。这些任务不仅能解锁新区域，还能获得稀有道具和宝可梦。部分岛屿隐藏着传说中的宝可梦，如急冻鸟和超梦，捕捉它们需要耐心和策略。
完成岛屿任务后，玩家可以专注于宝可梦的收集与培养。图鉴的完善是后期重要目标之一，包括关都地区未捕捉的宝可梦以及通过特殊方式进化的种类。需要交换进化的宝可梦或依赖特定道具进化的类型。训练家塔和战斗塔等设施提供了额外的挑战机会，适合测试队伍的强度并优化战术配置。
与朋友联机对战或交换宝可梦也是延长游戏乐趣的方式。通关后的内容设计旨在让玩家更深入地体验宝可梦世界的多样性，无论是探索、收集还是战斗，都能找到持续游玩的动力。