火红版口袋妖怪中隐藏着多种神秘精灵，其中最具代表性的当属超梦。作为第386号精灵，超梦是基因实验的产物，拥有强大的超能力属性技能，在剧情中扮演关键角色。玩家需在二周目神之领域才能捕捉它，其背景故事与战斗实力使其成为游戏中最具传奇色彩的精灵之一。
除超梦外，幽灵塔中的未知精灵也充满神秘色彩。玩家首次进入幽灵塔时会遭遇无法攻击或捕捉的幽灵系精灵，需在完成火箭队基地任务获得观测镜后才能揭开其真面目。这些精灵包括嘎啦嘎啦的幽灵形态，它们的存在与紫苑镇的传说紧密关联，为游戏增添了悬疑氛围。
通过完成岛屿任务，玩家可解锁布拉多、达克莱伊等传说精灵的捕捉机会。这些精灵通常出现在特定洞窟或遗迹中，例如需要推石头解谜的洞窟会触发未知精灵出现。七岛地图的探索过程充满挑战，但回报丰厚。
梦幻作为另一只神秘精灵，在火红版中具有特殊地位。它能够学习所有秘传机技能，实用性极高。玩家需通过特定剧情触发其出现，通常与火箭队的秘密实验有关。梦幻的捕捉难度较大，需要精心准备精灵球和战斗策略。
化石复活系统也提供了独特的神秘精灵获取途径。在月见山深处，玩家可从化石盔和菊石兽化石中选择其一进行复活。这些远古精灵拥有特殊属性组合，在后期对战中能发挥重要作用。化石精灵的培育过程需要耐心，但进化后的形态实力强劲。
这些精灵外观与普通个体存在颜色差异，出现概率极低。虽然属性并无特殊强化，但收藏价值极高。玩家在常青森林等区域偶然遭遇闪光精灵时，需要谨慎处理捕捉过程。