导弹作为一种远程高爆武器，被多艘舰船搭载并用于实战。导弹舰船通常具备较强的对舰火力，适合中远距离作战，同时部分型号还兼顾防空或攻城能力。
静海级导弹护卫舰是动画中出场频率较高的导弹舰之一，属于综合攻击型护卫舰。该舰配备火炮和导弹双重武器系统，可覆盖打击中小型目标，其导弹投射系统主要针对远程目标，而联合火炮系统则承担反导和近程防御任务。由于导弹与火炮的协同设计，静海级在动画中常被用于快速突袭或舰队护航。其导弹系统在沙巴尔星之战中因误击事件引发过剧情关键冲突，侧面反映了导弹武器的战略影响。
AC721重型导弹驱逐舰是动画中驱逐舰级别的典型导弹载具，火力表现突出。其导弹系统优先锁定空中目标，配合防空火炮形成立体防御网，在舰队编组中常承担区域防空职责。动画中该舰的导弹命中率与冷却效率被多次强调，尤其在对抗敌方护航艇时展现了精准拦截能力。其装甲强化设计弥补了导弹舰普遍防御薄弱的问题，适合持久战。
RB7导弹艇作为轻型导弹单位，凭借高机动性成为动画中的游击战主力。尽管单发伤害较低，但通过冷却强化与暴击加成，其在对抗巡洋舰时能发挥可观的持续输出。动画中RB7常以集群形式出现，利用曲率速度快速切入战场发射导弹后撤离，这种战术对敌方后勤线造成显著干扰。不过后期面对高护甲目标时，其火力不足的缺陷也有所体现。
光锥级综合导弹巡洋舰是少数兼具导弹与防空无人机的高级舰船，动画中多用于舰队中排支援。其导弹系统与无人机协同锁定目标，既能对舰输出又可拦截敌机，在混合编队中适应性极强。由于巡洋舰级耐久较高，光锥级常被部署于战线中央，为前后排提供火力掩护。不过动画也暗示其导弹伤害中庸，需依赖其他高爆发舰船补足输出。
动画中的导弹舰船覆盖了护卫舰到巡洋舰多个吨位，战术定位从突击到防空不一而足。玩家需根据舰队整体需求选择搭配，例如静海级适合前期速攻，AC721侧重防空，而光锥级则更适合体系化作战。导弹武器的核心优势在于射程与爆发，但需注意其装填周期与资源消耗，合理搭配维修舰或装甲舰才能最大化作战效能。